Gjøde Pedersen (f. ca. 1580, d. mellom 1650-53) er kanskje den mest segnomsuste og omdiskuterte futen i Sogn og Fjordane. Det eksisterer eit etter samtida uvanleg stort kjeldemateriale etter han. Han var nok ein særs kompleks person, skulda for usømeleg framferd, skattesnyting og ikkje minst mord. Trass i dette syner han eit langvarig og etter måten nært forhold til stavkyrkja i Kaupanger.
Han kjøpte det som etter kvart skulle bli Kaupangergodset i 1606, og det tok ikkje lang tid før han han byrja på det som vart ei omfattande godssamling. Noko av dei inntente midlane brukte han på kostbare gåver og innkjøp av inventar til stavkyrkja i Kaupanger. Allereie i 1609 gav Pedersen ny preikestol og alter, samt to messingstakar til kyrkja.
I 1634 skjenka han truleg på nytt inventar. Denne gongen gav han både alter, preikestol og døypefont, medan det gamle alteret vart gitt til Jostedalen kyrkje. I tillegg vart eit stort epitafium som førestiller Gjøde Pedersen, kona Kirsten (Kirstine) Pedersdatter og ein son plassert over korbogen (inngongen til koret frå skipet). Over sonen er det måla eit kors, noko som fortel oss at guten ikkje lenger levde då epitafiet vart måla.
Om epitafiet verkeleg er ein avbilding av Gjøde og familien har lenge vore omdiskutert. I 2008 vart inventaret og epitafiet restaurert og det var mogleg å studere dei på nytt. Tone M. Olstad, som var ansvarleg for restaureringa, meiner detaljar i utforminga gjer at det truleg er same handverkaren som har laga preikestolen, altertavla og Gjøde-epitafiet. På same måte meiner ho å sjå likskap i måleteknikk og fargebruk som gjer at hun òg trur at deler av dei same gjenstandane har vore måla av same person. Om dette er rett, er det liten tvil om at epitafiet verkeleg syner Gjøde Pedersen og familien hans.
På 1600-talet går kyrkja også gjennom store bygningsmessige endringar, m.a. med nytt liggande panel utvendig og nye firkanta vindauge. Støpulen (klokketårnet) vart fjerna, taket vart senka og nye takstolar montert og takryttar over mønet vart reist. Innvendig vart veggane i kyrkja dekorert med målte blomsterrankar. I si samtidig må det ha vore eit ganske fargesprakande syn, måla med grått, svart og sterke raude og grøne fargar.
I skipet er det òg måla vertikale stripar av neumer over alle veggane. Dette er forløpar til notesystemet og vart særleg brukt innafor mellomalderens kyrkjemusikk. I Norge er slike neumer ganske uvanleg i kyrkjebygg. Neumene som er nytta er frå den yngre versjon av dette notesystemet. Det hefter ein viss usikkerheit kring dateringa, men i følgje Inger Pedersen skal neumene i Kaupanger daterast til 1620-1640 åra. Utviklinga av det som i dag er standard notelære var ein gradvis prosess som varte heilt fram til 1700-talet. Det er difor ikkje usannsynleg at neumene skal daterast til 1600-talet som Pedersen føreslår.
Tidspunkt for desse endringane av kyrkja er omdiskutert, men det er ikkje utenkeleg at vi skal sjå gåvene i samanheng med ombygging av kyrkja og at alt dette vart gjort på 1630-talet. Vi veit òg at han kanskje sto bak andre byggeprosjekt i Kaupanger og det er tydeleg at han var ein ambisiøs mann, med stort behov for å synleggjere seg. Frå sorenskrivar G. P. Blom si reise i Bergens stift i 1824 har vi òg ei interessant skildring. Blom fortel at det på Kaupanger står eit hus som opphavleg skal ha vore bustadhuset til Gjøde Pedersen. Innvendig skal veggene vere måla med barokke dekorasjonar. Om dette er rett, understøtter dette ein hypotese om at Gjøde Pedersen sto bak heile eller deler av ombygginga av stavkyrkja. Det er heller ikkje så mange andre kandidatar som kan ha finansiert ei slik ombygging. Bøndene i Kaupanger var i økonomisk skvis med Gjøde som ein stadig ekspanderande eigar eller forvaltar av Kaupangergodset og hadde neppe økonomiske ressursar til slike tiltak.
I 1636 selde Gjøde kaupangergodset med underliggande eigedommar til Iver Wind. Dokument frå 1639 fortel og at han ein periode ikkje budde i Kaupanger, før han for tredje gong returnerte til Kaupanger, truleg tidleg på 1640-talet. Denne gongen vart han buande her til han døydde, truleg rundt 1653.